2002年,耿长军因参演由杨阳执导的历史剧《记忆的证明》而开始踏入演艺圈 。2006年,耿长军参与拍摄由张黎执导的历史题材电视剧《大明王朝1566嘉靖与海瑞》,在剧中饰演井上十四郎,该剧获得第26届中国电视剧飞天奖三等奖 。2007年6月,耿长军再次参演由张黎执导的人文年代剧《中国往事》,并在剧中饰演家丁常泰 ;同年10月,耿长军凭着由陆川执导的历史题材电影《南京!南京!》中饰演的一个小角色日本兵东口突围而出 。2008年,耿长军与王宝强、张国强联袂主演抗战剧《我的兄弟叫顺溜》,并在剧中饰演日军少佐阪田 。2009年,耿长军出演了喜剧电影《云下的日子》 ;之后,耿长军做客由李咏主持的央视综艺频道访谈节目《咏乐汇》;同年,耿长军与文章合作主演了抗战剧《雪豹》,他在剧中饰演重视友情高于生命的日本留学生兼军人竹下俊 。2010年,耿长军在以洛阳牡丹和牡丹文化为背景的电影《甲天下》(原名《牡丹花儿开》)中饰演日本商人山田英男 ;之后,耿长军还出演了由成龙自编自导自演的动作冒险类电影《十二生肖》,在片中饰演反派角色海盗王 ;同年,耿长军除了出演抗战片《虎头要塞之最后决战》 之外,又出演了两部抗战剧《远去的飞鹰》和《黑狐》,同样都扮演日本军官这一角色 。2011年,耿长军与黄渤、高虎搭档主演了抗战剧《民兵葛二蛋》,在剧中饰演日本军官吉田 ;同年,耿长军在抗战剧《上阵父子兵》中饰演日本军官岩谷川 。2012年,耿长军作为嘉宾亮相香港粤语访谈节目《娱乐审死官》,在节目中吐露心扉表示希望减少饰演日本角色;同年,耿长军出演了抗战历史剧《独狼》 。2013年,耿长军参演由郭宝昌执导的中医题材年代剧《翻手为云覆手雨》 。2014年,耿长军主演的民族励志传奇抗战剧《冒牌英雄》上星播出,他在剧中出演一个外表儒雅,内心却十分狂热的战争狂人日军安南县最高军事指挥官武田弘毅 。2015年,耿长军参演的悬疑谍战剧《猜拳》在央视八套播出,他脱离了日本军人的角色,在剧中饰演国军司令部派驻103师代表 。2016年7月,耿长军参演的战争片《终极胜利》上映,他在片中饰演集中营司令官仓田健二 ;同时,耿长军参演的喜剧动作片《快手枪手快枪手》上映;12月,耿长军参演的动作喜剧电影《铁道飞虎》上映,他在片中饰演日军业余翻译官坂本 。2017年2月,耿长军与吴启华、徐冬冬等联袂主演悬疑惊悚片《魂归何处》 ;7月,耿长军参演的历史题材影片《明月几时有》上映。2019年8月22日,参演的电影《鼠胆英雄》上映 。