2005年,孙耀琦荣获《三湘都市报》魅力女孩冠军;随后获得某品牌代言人选拔大赛冠军、最佳人气奖;同年,参演电视剧《一家老小向前冲》,饰演晓薇。2006年,孙耀琦被推选为湖南卫视《快乐购》节目的“感恩天使”,并开始与何炅搭档主持该节目。2008年,出演古装轻喜电视剧《好汉一箩筐》,剧中饰演心系整个民族的川贝格格。2011年7月,与李晟、张睿、海陆等合作主演电视剧《新还珠格格》,在剧中凭借金锁一角而受到广泛关注。2012年3月,孙耀琦在古代宫廷传奇电视剧《太平公主秘史》饰演青年时期城府极深聪明绝顶的上官婉儿;继而受邀作客《我是大美人》节目;11月,与潘杰明、李佳航联合主演都市职场偶像剧《艾米加油》,饰演艾米;12月,因在电视剧《隋唐英雄》中饰演从刁蛮任性到端庄贤良的如意公主,给观众留下深刻印象。2013年,孙耀琦受邀参加湖南卫视《一生一世合家欢》节目录制,现场与迟帅携手共同演绎了一段搞笑浪漫的“情侣秀”,两人因各自的精彩表现被观众称赞为优质偶像组合;5月参加明星模仿秀节目《百变大咖秀》的录制,现场模仿反串林志颖;8月,凭借在古装网络剧《我为宫狂》中饰演从三百年前穿越到现代的纯真可爱、对爱情执着的女一号琉璃一角受到颇高人气 ;随后在历史传奇剧《武松》中饰演最萌版潘金莲。2014年3月,孙耀琦凭借在古装剧《隋唐英雄4》中饰演亦刚亦柔、文武双全的樊梨花一角受到观众的好评;6月,在与唐嫣、杨洋合作出演季播悬疑网络剧《盗墓笔记》中饰演原创角色陈丞澄;7月,主演古装喜剧《神医大道公前传》,孙耀琦在剧中一人分饰两角,角色之一是天庭上高贵淑雅的仙女无弦公主,而另一个角色却是个泼辣搞怪、大大咧咧的市井妹子鲍大银;12月,出演古装武侠剧《神雕侠侣》,饰演陆家庄千金小姐陆无双。2015年4月至7月,主演年代传奇剧《群英会》,孙耀琦在剧中饰演四合班的幕后掌门人连琴如,她将在戏中从少年演到老年,历经四十余年;11月30日,在都市情感剧《婚姻攻防战之爱要付出》,饰演活泼豪爽的肖晓;主演缉毒反恐电视剧《警察荣誉》,这是孙耀琦首次出演刑侦题材的电视剧,饰演不辞辛苦、追随英雄远赴边疆的边防记者展琳琳。2016年1月,在年代剧《青谷子》中饰演知青教师方格;2月19日,与杜海涛、吴昕、隋凯合作主演爱情喜剧电影《恭喜发财之谈钱说爱》;4月7日,受邀加盟山东卫视历史文化类喜剧季播节目《你好历史君》的录制,在第二期”翻阅三国乱世“中饰演貂蝉;5月23日,参演的古装玄幻剧《仙剑云之凡》开播,孙耀琦饰演呆萌花痴的活泼少女蘅绾绾;6月20日,在古装武侠剧《六扇门》中饰演聪明伶俐、知书达理的名门闺秀曹懿恩;7月,拍摄都市玄幻偶像剧《我的美女老师第二季》;10月,加盟原创校园纪实节目《一年级·毕业季》,担任本季的大学辅导员。2017年6月21日,孙耀琦领衔主演的温情喜剧电影《周身闪光,过目难忘》在马来西亚槟城开机拍摄,她在片中饰演了大大咧咧的江小妙;同年,她还出演了古装剧《大明皇妃·孙若微传》,并在剧中饰演孙若微的女官双喜。2018年6月9日,作为梦想助力团嘉宾加盟山东卫视户外汽车挑战节目《挑战300秒》;随后,她还出演电影《非正式爱情》,并在片中饰演艾嘉。